不知不觉，讲禅完毕，昙鸾依然陶醉在憧憬之中。这时一个老和尚打扫地面，看见一个十几岁的孩子依然静坐冥想。便走到他身边提醒说：“小施主，讲经已经结束，快回家吧。”

昙鸾还没回过神儿，说道：“此处不就是我的家么？”

老和尚看小孩子虔诚，便继续说道：“此处佛门出家之所，你还是未成年，尚不可入空门。”

这时昙鸾才醒悟，说道：“老师傅，我不可以归依我佛么？”

老和尚说：“大魏律法，大州只许50人入佛门，小州名额只有四十，要沙门统批准才行。”

昙鸾也多少知道一点这事儿，怏怏不乐的走出殿外，随信众来到大院。他十分惆怅，不禁仰天叹息。此刻天空白云朵朵，在一块比较大的白云之中，似乎突然现出文殊菩萨八臂法相，含笑向他点头致意。两次看见菩萨向他召唤点化，昙鸾当即跪倒朝拜，口诵菩萨法号。周围的人看见一个孩子如此虔诚，望空礼拜，不解其意，近处的人听见他口念菩萨之名，都跟着望天辨认，不过他们没有看出来，有的人不觉好笑。这时方丈从大殿出来，见此情景，仔细辨认，果然是菩萨法相惊现。他问明缘由，当即收昙鸾在佛光寺出家，成为华严弟子。

出家之后，昙鸾依然不执著佛教一家之言，兼采众长，通读儒、道、佛各家的经典，尤对鸠摩罗什译的龙树菩萨所著之《大智度论》、《中论》、《十二门论》和提婆译的《百论》这四论有精深的研究，成为当时四论的名僧。

研究之中，昙鸾发现龙树是以初地菩萨、即圣人第一阶的身份往生净土，这一下激励了昙鸾大师对弥陀净土思想的追求和信仰。他想，在菩萨的五十二阶中，自己虽然达不到妙觉、等觉、十地，但十地之下的十回向、十行、十住和十信中，至少能修行得到。那么自己就会以低阶圣人的身份往生净土。不但如此，自己度己度人，六道众生都可被接往西方净土佛国，这对于众生来说带来了净土法门的福音。

于是，他开始对龙树菩萨的难行、易行二道有所证悟，引申出与二道相应的是二力，即自力和他力，因龙树菩萨在十二礼赞叹观音顶戴阿弥陀佛，种种妙相庄严，能伏外道魔憍，因此他以此学说为基础，开始着手对净土佛法注释，筹划《往生论注》，引用龙树的《大智度论》作为比喻来阐释文义。

他在《论注》大胆提出尊崇阿弥陀佛，即“教宗般若，行在弥陀”，并将儒、道、释三学融会于净土之中。这期间，他不仅以博学多闻而著称，同时在武功、医术、音乐等独树一帜，在五台山以至山西一带，百姓慕名求医，他在济世救人之余，宣传净土思想，得到百姓拥戴，信众广博。终南论剑，他正四十出头，功力达到五重，被誉为五台山大侠。

因为昙鸾法师一直致力于把晦涩难懂的佛经通俗化和简单化，所以他看到昙无谶译的《大乘方等大觉经》词义深密，难以开悟，便开始为此经作注。

有一天昙鸾大师正在注经，突然浑身奇痒无比，仔细一看竟然长有鳞斑。同时因长时间劳作，气喘的老毛病同时病发。这些身体疾病，让他坐卧不宁，寝食不安。把他折磨的不能工作，也不能入睡，让他十分苦恼。每当夜深人静的时候，昙鸾或是静坐或是祈祷，希望病情改善哪怕缓解，不过不知什么原因，就是不见好转。他本身虽然对医学也很精通，可对自己的病情也无可奈何，干脆连病因都找不到，有时候他自己都觉得是一种讽刺。

有一天，他要好的一个师弟清凉寺住持灵辩法师对他说：“昙鸾师兄，自从你潜心研究龙树菩萨的二道二力以来，身体就发生异样，虽然你功法与日俱进，可是气疾也越来越深，终于酿成今日的危害。贫僧以为，是因为师兄所建树的土壤根基并不在清凉山这里，师兄应该走出一片天地，另创一家，才能不辜负你的一片雄心壮志。而且也许你会得到机缘，把疾病治好。”灵辩大师也很了不起，只可惜三年前已经圆寂。他幼年出家于悬瓮山，专研《华严经》。十多年前来五台山苦修，日顶《华严经》，行道五顶之间，足破血流，一连三年，精勤如一，终于悟通“华严法界七处九会”， 并完成百卷华严经论，从此誉满魏境，名震一时。他当时的话让昙鸾听了，幡然醒悟。他在思考了一段时间之后，毅然带领几个弟子离开五台山，开始出门寻访名医，并寻求新的突破。