姚广孝听了很是惊讶，奇怪的道：“难道世间的传闻是真的？”

燕王道：“军师也知道这位仙人？你以前也见过吗？”

姚广孝摇了摇头道：“哎！属下哪里有这般缘分！”遂对燕王简要讲诉一边空空真人的传闻，令燕王听了心中更加惊奇赞叹不已。姚广孝岔开话题，说起燕军南攻之事，燕王听了心神方才从空空真人身上转移过来。

建文二年冬，燕王帅兵东昌之战，朱棣多次濒临险境。但是由于朱允炆有“毋使朕有杀叔父名”旨意，南军将士惧怕战后反攻倒算，既不敢伤害朱棣，又难以活捉，只得放任自由；朱棣也恃此特权，单骑殿后，南军无可奈何。但是东昌之战毕竟是靖难以来南军的第一场大捷。朱允炆十分高兴，以东昌大捷告太庙。朝廷军势大振。燕军经此败，以后再南下，皆由徐沛，不再走山东。

东昌之败之后，燕王朱棣以此为耻，与姚广孝商议对策。姚广孝强烈支持朱棣再次出兵。燕王

于是于建文三年二月初九日，朱棣祭阵亡将士，并脱下袍子烧掉，激励军士。二月十六日，朱棣再次出师。经历夹河、藳城之战再次使南军损失惨重，正面战场战事稍缓和。

朝廷改为通过谈判、反间、袭击后方等方式间接作战。击败平安后，燕军南下，先后经过顺德、广平、大名，并驻扎于大名。诸郡县望风而降。

建文帝无奈只好表面上罢免齐泰黄子澄来安抚燕王，暗地里却依然任用二人为智囊。

朱棣听说齐泰和黄子澄被贬，上书和谈，并表示“奸臣窜逐而其计实行，不敢撤兵”。

朱允炆得知，与方孝孺讨论，方孝孺表示可以借此机会遣使回报假装要取消齐黄建议，拖延时间，并懈怠燕王军心，又令大理寺少卿薛嵓去见朱棣，传诏并秘密在军中散布相关消息。

薛嵓见到燕王朱棣后说道：“皇上说王爷殿下一旦释甲罢兵，朝廷就会立马班师回朝。”

朱棣听了冷笑道：“这话连三岁小儿也骗不过。焉来骗我？”

薛嵓听了又惊又慌，却无言以对。

建文帝听了薛品的回报后，大怒，遂命令盛庸、铁铉、不一道长、冲虚等人分兵骚扰燕军饷道。

燕王朱棣遣使者进京表示盛庸等不肯罢兵，必有主使。建文帝听从方孝孺的意见，将使者诛杀，两方和谈破裂。

朱棣见和谈破裂，决定袭击朝廷大军饷道，以使驻扎德州的朝廷大军陷入困境，又令都指挥李远率兵六千，换穿朝廷大军甲胄，从济宁南下，燕军瞒过朝廷大军到达沛县，成功焚烧大量朝廷大军粮船，河中鱼鳖尽死。朝廷大军损失粮食数百万石，京师大震，德州陷入窘境。

燕军进攻彰德，林县投降。朝廷派平安自真定趁虚攻打燕京，扰乱其耕牧，朱高炽固守朱棣分兵回援。平安与战不利，退回真定。

由于河北战事不利，方孝孺想出了反间计，利用燕王长子朱高炽和次子朱高煦的矛盾，先写一封信给镇守燕京的朱高炽，令其归顺朝廷，许以燕王之位，然后派人告诉朱棣和朱高煦说世子朱高炽密通朝廷，以使燕军北还。

但朱高炽得到信后，根本没有拆开，将朝廷使者连人带信一起送往朱棣处，反间计失败。

盛庸令大同守将房昭入紫荆关威胁保定，占据易州西水寨以窥燕京。

燕王见状，只得回兵救援。朱棣分兵守保定，并包围房昭的山寨。十月初，燕军与真定援兵和房昭军决战，朱棣令勇士悄悄登山，在敌后大张旗帜。

朝廷大军见状大乱，与真定援兵一齐崩溃。房昭退回大同。十月二十四日，燕军回到燕京。之后又击败了袭永平的辽东军。

至此，燕军靖难已有两年多。虽然屡战屡胜，但因兵力不足，无法巩固并扩张胜利，往往放弃新取之地；仅能据有燕京、保定、永平三个郡。

建文三年冬，朱棣决定直接率兵南下。建文帝见燕军再次出动，令驸马都尉梅殷任总兵官，镇守淮安。建文四年正月初一，建文帝命魏国公徐辉祖率兵援山东。

建文四年二月初一，南军将领何福、平安、陈晖进兵济宁，盛庸进兵淮上。朱棣派兵袭击南军饷道后，二月二十一日，燕军击败徐州的出战军队，徐州自此闭城死守。