十二月十三日，清军把兖州屠城的消息传给了内丘城军民，果然兖州城破被屠，鲁王朱一派自尽，乐陵、阳信等郡王都死，知府邓藩锡等战死的消息，引起内丘城军民的恐慌，监军御史王變、副将牛成熊、云俊聪派兵弹压，杀掉二十多个乱民后，内丘城内恢复了平静，总兵卜从善、白祁政等也竭力弹压本部官兵，言及城在尤存，城破玉石俱焚，王變、牛成熊、云俊聪尽散军中资财，官兵们这才稳定了情绪。
清军前锋营统领巴图克向内丘城军民劝降，锦衣卫官兵一阵乱箭射下，巴图克打马回到清军阵中，阿巴泰下令向内丘城进攻，清军组织了两千多副云梯、一百辆冲城车，押着五千多大明百姓攻城，一时间内丘城外大明百姓哭爹喊娘呼儿唤女，在清军的刀剑皮鞭的威*下涌向内丘城下。
城上的内丘守御的军民跟城下百姓非亲即故，甚至还有直系的亲人在城下，整个城墙上是一片混乱，不过牛成熊、云俊聪、卜从善、白祁政等客军可不管这些，等清军和百姓进入射程，照样是一阵羽箭射下城去，清军和百姓顿时倒了一大遍，清军也向城上放箭回击，可是明军居高临下占尽上风，几个回合下来清军死伤了数百人，而被驱赶至城下的百姓伤亡超过了千余人。
这时内丘城上出现了多出骚乱，有内丘义勇抢夺官军的弓弩，阻止官军发射羽箭之事，官军暗中早有准备，迅速制服了这些义勇，考虑到这些守城义勇是救亲人心切，官兵们尽量克制，没有伤及这些义勇的性命。
清军的云梯靠上内丘城城墙，上万清军爬城，冲城车也开始撞击城门，城墙上羽箭、火铳打下，石灰、砖头、金汁全用上了，清军纷纷从云梯上滚落，不一会内丘城城脚下折手断腿皮肉开裂的清军躺了一大圈。
阿巴泰一再催促清军夺城，前锋统领巴图克受必不过，亲自含刀爬城，清军见了人人奋勇个个争先，城上石灰稀少金汁用尽，忙将石块纷纷砸下，再倒下翻滚的热油和沸水，清军又死伤一大片，云梯也被毁几百副。
巴图克竟然神奇的爬上了内丘城城墙，纵身一跃跳进了城墙里，清军见了一片欢呼，巴图克跃进去的地方杀声震天，后面的清军迅速从这个地方爬上城墙，短时间竟然有近百的清军上了城墙，清军在内丘城墙上占据了一块阵地，这时远处观战的阿巴泰终于露出了一丝笑容。
紧接着清军又从几处云梯爬上了城，整个内丘城城墙上一片混乱，“轰”“轰”“轰”，内丘城头炸响了三个大礼花，阿巴泰心说来得好，等的就是你田承嗣，今天我饶余贝勒阿巴泰要以少胜多斩将夺旗。
内丘城清军突破的缺口不断被夺回来，而新的缺口被绵绵不断打开，不断有清军被甩下城来，有不断有清军爬进城去，城上城下出现了残酷的拉锯战，清军的冲城车把内丘城的北门冲塌了，可城门洞堆满了条石，清军一时半会还进不了城。
很快锦衣卫出现在清军的北面，阿巴泰麾下有二十个牛录近六千士兵，面对锦衣卫一万左右兵马，阿巴泰估算了一下，差不多是一比二的对阵，最让阿巴泰受不了的是，锦衣卫居然也是一人双马，这些马不少是大清勇士手里夺的，今天要跟田承嗣作彻底的清算。
阿巴泰虽然脾气暴躁，不过每临大事还是能冷静的，他让清军大喊：“兖州城被破”“鲁王朱一派死了”“乐陵王死了”“阳信王等都死了”“崇祯皇帝砍了田承嗣的狗头”“田承嗣，大明无头的三省总督”。。。
田承嗣一听清军喊话，就知道兖州城真的被清军破了，锦衣卫官兵对兖州城被破一事毫不在意，可是当清军喊出“崇祯皇帝砍了田承嗣的狗头”“田承嗣，大明无头的三省总督”这些话，锦衣卫官兵开始出现嗡嗡的细语声，田承嗣自己也不由得心里一震，想到了因襄王、福王被杀，惊忧交加，惧罪绝食而死的杨嗣昌。
杨嗣昌，字文弱，湖广武陵人，博涉文籍，多识先朝典制，万历三十八年进士，父亲是崇祯初年力主抚议最后被革职下狱的腐官杨鹤，崇祯元年，任河南副使加右参政，七年，拜兵部右侍郎兼右佥都御史，总督宣府、大同、山西军务，九年，起为兵部尚书，深受崇祯皇帝信任。
杨嗣昌力主“安内方可攘外”，提出“四正、六隅、十面网”战术，所谓“四正”是陕西、河南、湖广、凤阳四镇，“六隅”则是延绥、山西、山东、应天、江西、四川六区。集合“四正六隅”为十面罗网，各有侧重，协同配合，“随贼所向，专任剿杀”；朝廷增兵十四万，加饷二百八十万两。由熊文灿为总理五省军务，剿抚兼施，此举在一年内颇见成效，张献忠、罗汝才等流寇兵败投降，李自成在渭南潼关南原遭遇洪承畴、孙传庭的埋伏被击溃，带着刘宗敏等残部十八人躲到陕西东南的商洛山中。
崇祯十一年，杨嗣昌改礼部尚书兼东阁大学士，仍掌兵部事，十二年五月，张献忠再起。嗣昌以大学士督师，赐尚方剑，前往湖广、陕、川指挥围剿事宜，大败张献忠于玛瑙山，遂入川企图围歼之，但明朝官军内部矛盾重重，诸将多不用命，贺人龙与左良玉皆拥兵自重，不听使唤多次误了战机，使得流寇队伍得以从容作战，崇祯十四年初，李自成陷洛阳，杀福王朱常洵，张献忠一日夜驰三百里出四川，奇袭襄阳，杀襄王朱翊铭，朝野震惊，杨嗣昌忧惧交加，旧病复发，惧罪绝食而死。
田承嗣心说兖州城被破不要紧，关键是死了一堆朱家的龙子龙孙，以三省总督给山东总兵邱磊、刘泽清等吓的救援兖州命令，天知道这些家伙执行没有，哎，自己这个有名无实的三省总督能有多大责任啊！